مدرس سابق خود او در نزديكى حرم رضوى سمت پايين پاى مبارك به خاك سپردند . امروزه اين محل ، جزو رواقهاى حرم است . در تعيين سال وفات شيخ بهائى اختلاف است . از آنجا كه اسكندر منشى ، وقايع‌نگار روزانهء شاه‌عباس ، و نيز مظفر بن محمد قاسم گنابادى ، منجّم معروف آن عصر ، در تنبيهات المنجّمين كه چند ماه پس از مرگ بهائى نوشته است ، سال 1030 را ذكر كرده‌اند ، اين قول پذيرفتنى است . جمعى از معاصران بهائى نيز همين تاريخ را ذكر كرده‌اند . ظاهرا پس از اينكه نظام الدّين ساوجى تمام‌كنندهء جامع عباسى و شاگرد بهائى ، وفات وى را در 1031 ذكر كرده است بسيارى از تذكره‌نويسان از وى پيروى نموده‌اند . موقعيت اجتماعى بهائى به تقاضا و درخواست شاهان صفوى شيخ الاسلام ، بالاترين منصب رسمى دينى ، شد و تا پايان عمر در آن منصب باقى بود . اين منصب مورد رضايت و علاقهء او نبود و همچنان گرايش به عزلت داشت و در زىّ زهد و درويشى بسرمىبرد ؛ حتى پيوسته سعى در كناره‌گيرى و استعفا از شيخ الاسلامى داشت و به گزارش بعضى منابع براى مدتى از اين مقام كناره گرفت . بهائى آمدن خود از جبل عامل به ايران و مراوده با سلاطين را باعث تيرگى باطن و محروميّت از كمالات معنوى مىدانست ، و در حسرت گذشته « اى خوشا خرقه و خوشا كشكول » سر مىداد . او همچنين در اشعار خود از مصاحبت و قرب پادشاهان تحذير بليغ كرده است . بهائى گذشته از شيخ الاسلامى ، منزلت و قرب خاصّى در دربار صفوى داشت . وى در دانش ، تقوا ، كفايت و كاردانى مورد اعتماد كامل شاه‌عباس بود و پيوسته طرف مشورت او قرار مىگرفت . به نوشتهء اسكندر منشى ، شاه از محضر بهائى بهره مىبرد و وجود او را بسيار مغتنم